श्री नगुलखाम जाथोम गंगटे 1994 में भारतीय विदेश सेवा में शामिल हुए। उनका पहला राजनयिक कार्यभार भारतीय दूतावास, काहिरा में तीसरे सचिव/द्वितीय सचिव के रूप में था (1996-1999)। इसके बाद उन्हें भारतीय दूतावास, रबात में दूसरे सचिव/प्रथम सचिव (1999-2002) के रूप में और फिर भारतीय दूतावास, डबलिन में प्रथम सचिव (2002-2006) के रूप में तैनात किया गया। उन्हें भारतीय उच्चायोग, दार एस-सलाम (2008-2011) में उप उच्चायुक्त के रूप में भी तैनात किया गया था और उसके बाद भारत के महावाणिज्य दूतावास, शिकागो (2011-2014) में कौंसल (काउंसुलर) और उप महावाणिज्य दूत के रूप में भी तैनात किया गया था।

नई दिल्ली में विदेश मंत्रालय में, उन्होंने 2006-2008 तक उप सचिव और निदेशक (पश्चिम एशिया और उत्तरी अफ्रीका) के रूप में और सुषमा स्वराज इंस्टीट्यूट ऑफ फॉरेन सर्विस, नई दिल्ली (2014-2017) में संयुक्त सचिव के रूप में कार्य किया, जिसके दौरान एफएसआई ने विकसित और विकासशील दोनों देशों के विदेशी राजनयिकों के लिए विभिन्न प्रतिष्ठित प्रशिक्षण पाठ्यक्रम और विदेशों में मिशनों में पोस्टिंग के लिए अधिकारियों के कैडर के लिए प्रशिक्षण का सफलतापूर्वक संचालन किया।

उन्होंने जाम्बिया में भारत के उच्चायुक्त (2017-2021) और बाद में ट्यूनीशिया और लीबिया (2021-2024) में भारत के राजदूत के रूप में कार्य किया।

श्री एन.जे. गंगटे ने दिसंबर 2024 में विदेश मंत्रालय, नई दिल्ली में अतिरिक्त सचिव (स्थापना) के रूप में कार्यभार संभाला और सितंबर 2025 में भारत सरकार के सचिव के रूप में पदोन्नति पर ओएसडी (स्थापना) के रूप में कार्यभार संभाला। अप्रैल 2026 में, उन्हें विशेष सचिव (स्थापना) के रूप में फिर से नामित किया गया।

श्री एन.जे. गंगटे ने 6 जनवरी, 2026 से भारत विश्व मामलों की परिषद (आईसीडब्ल्यूए), नई दिल्ली के कार्यवाहक उप महानिदेशक (डीडीजी) के रूप में अतिरिक्त प्रभार ग्रहण किया।

श्री गंगटे के पास रसायन विज्ञान में विज्ञान स्नातक की डिग्री है। वह अंग्रेजी, हिंदी और अरबी बोलता है। बाहरी गतिविधियों का प्रेमी, वह टेनिस, टेबल टेनिस और सॉकर सहित विभिन्न खेल खेलता है। उनका विवाह श्रीमती हत्मुओंकिम गंगटे से हुआ है।